配种是扩充居民数量的重要方式之一，合理的配种策略能够优化居民属性组合，提升避难所整体效率。配种的基本操作是将一男一女两位居民安排在宿舍内，当他们的感情升温后，女方会进入怀孕状态。怀孕期间持续约3小时，期间孕妇可以工作，但遇到突发事件时无法参与战斗，需注意保护。生育后，新生儿需要时间成长，期间仅消耗资源而无生产力，因此需平衡人口增长与资源供应。
配种效果受多种因素影响，其中居民的魅力属性（C）是关键。魅力值越高，居民从互动到怀孕的时间越短。建议优先选择魅力属性较高的居民进行配对，或通过训练室提升相关属性。需确保宿舍空间充足，避免因人口容量不足导致无法生育。宿舍等级也会影响配种效率，高级宿舍能缩短怀孕时间。需注意，亲属关系的居民无法配对，且同一对男女可无限生育，但后期建议通过广播室招募外来者以优化基因多样性。
新生儿的属性分配存在一定规律，总属性点为12点，其中必然有3项属性为1点、3项为2点，仅1项属性可达3点。虽然属性随机分配，但3点属性有较大概率继承父母的高属性特征。若父母均为高属性角色，后代出现优质属性的几率更高，但橙卡角色间的配对并未证实有特殊加成。建议通过命名记录血统，便于观察遗传规律，但后期可通过训练室弥补属性不足，因此不必过度追求初始属性。
确保避难所内资源充足，避免居民因饥饿、缺水或辐射影响健康，否则可能降低配种成功率。建议将生育区域安排在非辐射区域，并保持安静整洁的环境。合理分配孕妇的工作岗位，避免将其置于高危险区域。若发生灾害，优先保护孕妇撤离至安全区域，待危机解除后再恢复日常活动。
长期配种策略需结合避难所发展阶段调整。初期可通过快速生育扩充劳动力，但需控制节奏以避免资源枯竭。中期建议筛选高属性居民定向配对，同时利用广播室招募外来者补充多样性。后期则应以训练室为主，通过系统化培养提升居民属性，而非依赖随机遗传。配种仅是人口管理的一环，需与资源生产、灾害防御等系统协同规划，才能实现避难所的可持续发展。
