秘卷系统是提升战力和决斗场表现的核心机制之一。秘卷不仅能为忍者提供属性加成，还能解锁特殊技能，合理搭配和使用秘卷是玩家进阶的关键。秘卷没有品质区分，只有等级差异，所有秘卷均需五片碎片激活，后续碎片用于提升等级。等级提升后，秘卷的伤害加成、冷却时间和属性增益都会显著变化。秘卷碎片主要通过玩法产出、任务获取和商城购买三种固定途径获得，其中玩法包括限时与日常活动，任务同样分为限时与日常类型，商城则提供金币购买的普通秘卷礼包或直购特惠礼包。
秘卷的选择需结合忍者特性与战斗场景。风遁·风杀阵是控场型秘卷的代表，其缓慢前行的风旋能吸附敌人并造成持续伤害，适合用于反制对手技能后摇或限制走位。查克拉秘卷则偏向战术辅助，使用后可增加奥义点，常用于奥义释放后的替身保护或配合以奥义为核心的忍者快速终结战斗。霸体秘卷能提供短时间无敌状态，适合近战型忍者突破敌方防线。每种秘卷都有明确的定位，需根据忍者技能组和战斗节奏进行匹配。
小队突袭是普通秘卷碎片的主要来源，而疾风传秘卷仅能通过活动产出的随机碎片获取。性价比分析显示，小队加倍消耗100金币可获得24片碎片及额外资源，收益显著高于直接购买礼包。活动限时任务往往提供稀有秘卷碎片，需优先完成。对于追求战力的玩家，可选择性参与直购活动，但普通金币礼包的性价比普遍较低。资源有限时应集中培养核心秘卷，避免碎片分散导致等级提升缓慢。
秘卷的实战应用需要掌握释放时机与组合逻辑。起手阶段可使用土遁·岩落等控制型秘卷创造连招条件，中期对抗中冰遁·冻雪的冰冻效果能打断敌方节奏，残局时禁术·阴愈伤灭的霸体状态可逆转战局。部分秘卷如幻术·此处非之术具有方向颠倒的特殊效果，需预判敌方行动轨迹。高阶玩法中，秘卷与通灵兽的搭配能产生质变，例如鲛鲨与扦插之术的组合可大幅提升团队伤害，而蛤蟆吉与冻雪的配合则能延长控制链。
秘卷系统的深度还体现在专属机制上。特定忍者装备专属秘卷时会触发形态变化，如秽土转生宇智波鼬的幻术·此处非之术会转变为幻术·伊邪那美，宇智波斑的白面具形态能将忍体术·反转化为宇智波反弹。这些专属效果往往具有更复杂的判定规则和更高的战术价值，需通过实战熟悉触发条件。普通秘卷与疾风传秘卷的区分方式为：霸体秘卷之前的属于普通秘卷，之后的属于疾风传秘卷，该分类直接影响获取途径和培养策略。
秘卷等级的提升需平衡短期战力与长期收益。30级前属性增益呈线性增长，30级后收益减半但依然可观。建议优先将主力秘卷升至30级，再逐步提升次级秘卷。洗练系统可优化秘卷附加属性，游戏币洗练相比普通洗练更易获得完美属性。秘卷与饰品强化系统存在资源竞争关系，需根据当前战斗需求分配材料。最终成型的秘卷体系应能覆盖控制、输出、生存三大功能，形成完整的战斗循环。
